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基礎(chǔ)型項(xiàng)目引物篩選邏輯概述
• 收到合成引物后再無(wú)任何陽(yáng)性測(cè)試前提下,進(jìn)行全陰性測(cè)試,確定陰性條帶。
• 首先以質(zhì)粒高、中濃度為模板,例如可選用1pg/μL和10fg/μL進(jìn)行引物初篩,篩選目的條帶特異明顯、條帶顏色亮、雜帶少且陰性正常(無(wú)非特異性條帶,引物二聚體少)的2-3對(duì)引物組合。
• 靈敏度實(shí)驗(yàn)要求模板做3-4個(gè)濃度,各個(gè)濃度的擴(kuò)增條帶呈現(xiàn)靈敏度變化,擴(kuò)增條帶亮度有變化,最終呈現(xiàn)的結(jié)果圖要求最低濃度的檢測(cè)結(jié)果為陰性。最優(yōu)、次優(yōu)引物組合,一般質(zhì)粒靈敏度至少在1fg/μL。
• 將篩到的最優(yōu)、次優(yōu)引物探針進(jìn)行實(shí)際樣本實(shí)驗(yàn),比較檢驗(yàn)樣本的靈敏度,選出目前最優(yōu)的引物探針,一般假病毒的靈敏度是10³-10?copies/mL,根據(jù)不同項(xiàng)目靈敏度可能存在差異。
• 注意:凝膠電泳的結(jié)果圖最好標(biāo)注maker大小,目的條帶大小
基礎(chǔ)型項(xiàng)目引物篩選邏輯實(shí)際案例
1、每個(gè)項(xiàng)目建議設(shè)計(jì)合成3-6條上下游引物用于后續(xù)篩選。若篩選引物未符合靈敏度要求,可嘗試在靶標(biāo)的其他區(qū)域進(jìn)行設(shè)計(jì)合成引物,再次篩選最終得到最優(yōu)引物組合。
2、本實(shí)驗(yàn)案例在靶標(biāo)上設(shè)計(jì)合成3條上游引物,3條下游引物,共9個(gè)引物組合進(jìn)行示范。
Ø引物篩選1—全陰性驗(yàn)證
• 9組引物組合進(jìn)行全陰性測(cè)試,確定陰性正常。
• 在擴(kuò)增子大小長(zhǎng)度范圍無(wú)明顯條帶。


Ø引物篩選2(正篩)
• 隨機(jī)固定一條上游引物(此實(shí)驗(yàn)選擇F1),與3條下游引物組合;
• 模板選擇高、中、低濃度測(cè)試,選擇條帶明顯、低濃度有擴(kuò)增的引物組合;
• 引物組合F1+R1與F1+ R3相對(duì)較優(yōu),R1/R3兩條下游引物表現(xiàn)較好;


Ø引物篩選4(靈敏度確認(rèn))
• 確定最優(yōu)引物組合F2+ R1后,進(jìn)行初步靈敏度確認(rèn);
• 模板濃度的選擇:篩選引物時(shí)能檢出的最低濃度向上/向下選擇1-2個(gè)梯度;
• 最終確認(rèn)環(huán)節(jié)建議加上陰性對(duì)照,確認(rèn)陰性始終正常。
Ø結(jié)果討論
• 最優(yōu)引物組合F2/R1,
• 初步判定質(zhì)粒靈敏度0.1fg/uL。
下一步:
1、客戶可根據(jù)自身項(xiàng)目需求進(jìn)行引物加入量?jī)?yōu)化、反應(yīng)時(shí)間優(yōu)化等來(lái)提供靈敏度;
2、特異性交叉驗(yàn)證實(shí)驗(yàn);
3、收集實(shí)際樣本測(cè)試;
4、與市面上的PCR試劑進(jìn)行靈敏度對(duì)比。
相關(guān)產(chǎn)品:
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貨號(hào) |
產(chǎn)品 |
規(guī)格 |
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TABAS03KIT |
TwistAmp Basic Kit DNA擴(kuò)增試劑盒 |
96T |
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TAEXO02KIT |
TwistAmp exo 試劑盒 |
96T |
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B8201C1 |
DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA基礎(chǔ)型) |
48T |
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B8202C3 |
DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA熒光型) |
48T |
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B8203C5 |
DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA試紙條型) |
48T |
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B8204C7 |
RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA基礎(chǔ)型) |
48T |
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B8205C9 |
RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA熒光型) |
48T |
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B8206C0 |
RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA試紙條型) |
48T |
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JY0209 |
雙靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型) |
50T |
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JY0201 |
單靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型) |
50T |
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JY0307 |
CRISPR單酶切及擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)試紙條 |
50T |
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JY0301 |
CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條 |
50T |
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JY0308 |
CRISPR雙酶切檢測(cè)試紙條(變色龍) |
50T |
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貨號(hào) |
包裝規(guī)格 |
中文名稱 |
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32108-01 |
100 pmoL |
LbCas12a (Cpf1) |
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32108-03 |
1,000 pmoL |
LbCas12a (Cpf1) |
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32117-01 |
100 pmoL |
LwaCas13a (C2c2) |
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32117-03 |
1,000 pmoL |
LwaCas13a (C2c2) |
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32118-01 |
100 pmoL |
AapCas12b (C2c1) |
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32118-03 |
1,000 pmoL |
AapCas12b (C2c1) |
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32119-01 |
100 pmoL |
Un1Cas12f1 (Cas14a1) |
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32119-03 |
1,000 pmoL |
Un1Cas12f1 (Cas14a1) |
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32104-01 |
100 pmoL |
AsCas12a (Cpf1) |
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32104-03 |
1,000 pmoL |
AsCas12a (Cpf1) |
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32116-01 |
100 pmoL |
AacCas12b (C2c1) |
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32116-03 |
1,000 pmoL |
AacCas12b (C2c1) |
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32106-01 |
100 pmoL |
FnCas12a (Cpf1) |
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32106-03 |
1,000 pmoL |
FnCas12a (Cpf1) |
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32110-01 |
100 pmoL |
Lb5Cas12a (Cpf1) |
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32110-03 |
1,000 pmoL |
Lb5Cas12a (Cpf1) |
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32101-01 |
100 pmoL |
SpCas9 |
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32101-03 |
1,000 pmoL |
SpCas9 |
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32102-01 |
100 pmoL |
Sp-dCas9 |
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32102-03 |
1,000 pmoL |
Sp-dCas9 |
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32120-01 |
100 pmoL |
Sp-nCas9(H840A) |
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32120-03 |
1,000 pmoL |
Sp-nCas9(H840A) |
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