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RPA試劑盒——DNA恒溫?cái)U(kuò)增試劑盒基礎(chǔ)性引物篩選方案

基礎(chǔ)型項(xiàng)目引物篩選邏輯概述

• 收到合成引物后再無(wú)任何陽(yáng)性測(cè)試前提下,進(jìn)行全陰性測(cè)試,確定陰性條帶。

• 首先以質(zhì)粒高、中濃度為模板,例如可選用1pg/μL和10fg/μL進(jìn)行引物初篩,篩選目的條帶特異明顯、條帶顏色亮、雜帶少且陰性正常(無(wú)非特異性條帶,引物二聚體少)的2-3對(duì)引物組合。

• 靈敏度實(shí)驗(yàn)要求模板做3-4個(gè)濃度,各個(gè)濃度的擴(kuò)增條帶呈現(xiàn)靈敏度變化,擴(kuò)增條帶亮度有變化,最終呈現(xiàn)的結(jié)果圖要求最低濃度的檢測(cè)結(jié)果為陰性。最優(yōu)、次優(yōu)引物組合,一般質(zhì)粒靈敏度至少在1fg/μL。

• 將篩到的最優(yōu)、次優(yōu)引物探針進(jìn)行實(shí)際樣本實(shí)驗(yàn),比較檢驗(yàn)樣本的靈敏度,選出目前最優(yōu)的引物探針,一般假病毒的靈敏度是10³-10?copies/mL,根據(jù)不同項(xiàng)目靈敏度可能存在差異。

• 注意:凝膠電泳的結(jié)果圖最好標(biāo)注maker大小,目的條帶大小

基礎(chǔ)型項(xiàng)目引物篩選邏輯實(shí)際案例

1、每個(gè)項(xiàng)目建議設(shè)計(jì)合成3-6條上下游引物用于后續(xù)篩選。若篩選引物未符合靈敏度要求,可嘗試在靶標(biāo)的其他區(qū)域進(jìn)行設(shè)計(jì)合成引物,再次篩選最終得到最優(yōu)引物組合。

2、本實(shí)驗(yàn)案例在靶標(biāo)上設(shè)計(jì)合成3條上游引物,3條下游引物,共9個(gè)引物組合進(jìn)行示范。

Ø引物篩選1—全陰性驗(yàn)證

• 9組引物組合進(jìn)行全陰性測(cè)試,確定陰性正常。

• 在擴(kuò)增子大小長(zhǎng)度范圍無(wú)明顯條帶。

Ø引物篩選2(正篩)

• 隨機(jī)固定一條上游引物(此實(shí)驗(yàn)選擇F1),與3條下游引物組合;

• 模板選擇高、中、低濃度測(cè)試,選擇條帶明顯、低濃度有擴(kuò)增的引物組合;

• 引物組合F1+R1與F1+ R3相對(duì)較優(yōu),R1/R3兩條下游引物表現(xiàn)較好;

Ø引物篩選4(靈敏度確認(rèn))

• 確定最優(yōu)引物組合F2+ R1后,進(jìn)行初步靈敏度確認(rèn);

• 模板濃度的選擇:篩選引物時(shí)能檢出的最低濃度向上/向下選擇1-2個(gè)梯度;

• 最終確認(rèn)環(huán)節(jié)建議加上陰性對(duì)照,確認(rèn)陰性始終正常。

Ø結(jié)果討論

• 最優(yōu)引物組合F2/R1,

• 初步判定質(zhì)粒靈敏度0.1fg/uL。

下一步:

 1、客戶可根據(jù)自身項(xiàng)目需求進(jìn)行引物加入量?jī)?yōu)化、反應(yīng)時(shí)間優(yōu)化等來(lái)提供靈敏度;

 2、特異性交叉驗(yàn)證實(shí)驗(yàn);

 3、收集實(shí)際樣本測(cè)試;

 4、與市面上的PCR試劑進(jìn)行靈敏度對(duì)比。

 

相關(guān)產(chǎn)品:

 

貨號(hào)

產(chǎn)品

規(guī)格

TABAS03KIT

TwistAmp Basic Kit DNA擴(kuò)增試劑盒

96T

TAEXO02KIT

TwistAmp exo 試劑盒

96T

B8201C1

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA基礎(chǔ)型)

48T

B8202C3

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA熒光型)

48T

B8203C5

DNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(DNA試紙條型)

48T

B8204C7

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA基礎(chǔ)型)

48T

B8205C9

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA熒光型)

48T

B8206C0

RNA恒溫快速擴(kuò)增試劑盒(RNA試紙條型)

48T

JY0209

雙靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0201

單靶標(biāo)HybriDetect側(cè)向?qū)游鲈嚰垪l(彩虹型)

50T

JY0307

CRISPR單酶切及擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè)試紙條

50T

JY0301

CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條

50T

JY0308

CRISPR雙酶切檢測(cè)試紙條(變色龍)

50T

 

貨號(hào)

包裝規(guī)格

中文名稱

32108-01

100 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32108-03

1,000 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32117-01

100 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32117-03

1,000 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32118-01

100 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32118-03

1,000 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32119-01

100 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32119-03

1,000 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32104-01

100 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32104-03

1,000 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32116-01

100 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32116-03

1,000 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32106-01

100 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32106-03

1,000 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32110-01

100 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

32110-03

1,000 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

32101-01

100 pmoL

SpCas9

32101-03

1,000 pmoL

SpCas9

32102-01

100 pmoL

Sp-dCas9

32102-03

1,000 pmoL

Sp-dCas9

32120-01

100 pmoL

Sp-nCas9(H840A)

32120-03

1,000 pmoL

Sp-nCas9(H840A)